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作品概要

コズミック・イラ（Ｃ．Ｅ）７１年。
遺伝子操作された新人類「コーディネイター」と遺伝子操作されていない通常の人類「ナチュラル」との確執から起こった地球連合軍とプラントの争いの中、地球連合軍は中立国であるオーブに侵攻する。民間人にも多大な被害をもたらしたこの戦いで、シン・アスカは両親と妹を失う。
それから２年。ザフトに入隊したシンは、新型モビルスーツ・インパルスガンダムのパイロットとなり、強奪された３機の新型モビルスーツの奪還作戦に参加する。また、その任務を与えられた戦艦ミネルバにはプラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルと２年前の戦いの英雄アスラン・ザラも乗船していた。
その任務の最中、シン達はナチュラル根絶を訴えるザフトの脱走兵達が起こしたユニウス・セブン落下事件に遭遇する。ミネルバの活躍により、ユニウス・セブンは分断されたものの破片は地上に降り注ぎ、各地に多大な被害をもたらす。
それが原因となり、再び地球連合とプラントとの争いが勃発する。
戦いが激化する中、前大戦の英雄、キラ・ヤマトも戦いに介入し、戦局は混迷の一途をたどる。
次第にデュランダルを盲信していくシンは、アスランと反目し、さらに戦いを止めようとするキラを撃破する。
一方、デュランダルは人類を適正に管理するシステム「デスティニープラン」を提唱。人の運命を管理するその構想に反対するキラやアスランは、デュランダル率いるザフト艦隊やシンと激突する。
最後の戦いでシンはアスランに破れ、デュランダルも死亡し、人類の未来と自由は守られるのであった。